Omnitrix Online abre con tres aliens jugables, cada uno con su propio estilo de pelea:
- Diamondhead: combo de cuatro espadazos, disparo de cristal y un campo de púas de cuarzo que puedes detonar.
- Heatblast: puños de fuego, bolas de fuego, chorro de llamas y la Supernova cuando el medidor de calor está lleno.
- XLR8: zarpazos rapidísimos, relámpagos en zigzag, tornado y tiempo detenido.
Hay dos mapas, el bosque del campamento y el patio de entrenamiento, con un ciclo de día, atardecer y noche.
En el celular el juego se pone en horizontal y muestra un joystick y botones táctiles semitransparentes. En la computadora se juega con el teclado.